La Direction de la Protection des Végétaux, du Contrôle et de la Qualité est chargée :

de participer à l'élaboration de la réglementation en matière de protection des végétaux, produits végétaux et d'en assurer l'application ;
d'assurer la protection des ressources végétales et d'exécuter les programmes de lutte contre les maladies des végétaux ;
de veiller à l'application des accords et conventions phytosanitaires ;
de procéder au contrôle sanitaire des végétaux et dérivés importés ou exportés ;
d'assurer la coordination des actions destinées à l'amélioration qualitative et à l'intensification des productions végétales ;
d'assurer le contrôle de la qualité et du conditionnement des produits agricoles ;
d'assurer le contrôle des professionnels phytosanitaires ;
d'assurer le contrôle des professions de la filière des denrées végétales ;
d'organiser et de coordonner le contrôle et l'inspection sanitaire ainsi que la qualité des denrées alimentaires destinées à la consommation ;
de participer à l'élaboration des règles, des normes d'hygiène et de salubrité, aussi bien nationales qu'internationales, et de veiller à leur application ;
de veiller à l'application et à l'adaptation des textes régissant le commerce international en matière de qualité et d'éthique, en liaison avec la Direction des Affaires Juridiques, du Contentieux et de la Coopération Internationale.
La Direction de la Protection des Végétaux, du Contrôle et de la Qualité comprend trois Sous-directions :

La Sous-direction de la Protection des Cultures

La Sous-direction de l'Inspection Phytosanitaire

La Sous-direction de la Qualité et de l'Ethique